北京市心肺血管疾病研究所成立于1981年，由我国著名心血管疾病专家吴英恺院士创建，是以心、肺血管相关疾病防治的应用基础和临床研究为主要方向的公益性研究所。北京市心肺血管疾病研究所从创建初期就与首都医科大学附属北京安贞医院在行政管理和专业学科发展上形成了集医，教、研、创，科学管理，文化建设六位一体化的全方位联合体。

研究所现任领导主要有：张宏家所长兼院长、周玉杰常务副所长兼常务副院长、杜杰副所长、刘静副所长。研究所办公室负责协助所领导完成研究所各项行政事务性工作。研究所目前设有8个研究室，流行病研究室、心血管生物学研究室、上气道功能障碍相关心血管疾病研究室、高血压研究室、动脉粥样硬化研究室、生物医学工程研究室、人群防治研究室、药理研究室。2个科研平台：上呼吸道平台和心血管病转化医学研究平台。2个科研服务平台实验中心、实验动物中心。3个专业杂志编辑部《心肺血管病杂志》编辑部《北京生物医学工程》杂志编辑部及《中华胸心血管外科杂志》编辑部。

2016年11月，北京市心肺血管疾病研究所B4实验室竣工。B4实验室位干门诊楼地下4层，完全按照国际顶尖实验室标准设计。设30余间实验室，可同时容纳260人开展实验。配有生物样本库、办公室、会议室等，功能完备。实验室安全系统完备，各区域配置了监控系统，并与中控室相连接。新风系统噪音控制在40-50分贝，并安装了新风自控系统，可以满足每个实验室的个性化需求。休息区可实现茶歇及小组课题讨论功能。该实验室不仅能够满足研究人员科研工作，更能够营造良好的工作环境，进而打出北京安贞医院和北京市心肺血管疾病研究所的品牌，达到国际化的水平。