北京市心肺血管疾病研究所成立于1981年，由我国著名心血管疾病专家吴英恺院士创建，是以心、肺血管相关疾病防治的应用基础和临床研究为主要方向的公益性研究所。北京市心肺血管疾病研究所从创建初期就与首都医科大学附属北京安贞医院在行政管理和专业学科发展上形成了集医、教、研、创、科学管理、文化建设六位一体化的全方位联合体。

研究所办公室负责协助所领导完成研究所各项行政事务性工作。研究所现任领导主要有：张宏家院长兼所长、周玉杰常务副院长兼常务副所长、杜杰副所长、刘静副所长。研究所目前设有8个研究室：心血管生物学研究室、流行病研究室、高血压研究室、上气道功能障碍相关心血管疾病研究室、动脉粥样硬化研究室、生物医学工程研究室、人群防治研究室、药理研究室。2个科研服务平台：实验中心、实验动物中心。4个专业杂志编辑部：《心肺血管病杂志》编辑部、《中华胸心血管外科杂志》编辑部、《北京生物医学工程杂志》编辑部及《中国医药》杂志编辑部。