北京市心肺血管疾病研究所实验动物中心是研究所三个服务平台之一，具有实验动物使用许可资质，是北京市行业协会会员单位。本中心共有员工6名，全部持证上岗，肩负着研究所及医院临床科研课题的动物实验工作，每年接待来自院所科研科室30多家。本中心分为屏障环境和普通环境两大系统，屏障环境共118平米，内设有大、小鼠饲养室各一间，饲养室内安装有定向层流柜，架与架、层与层单独隔离。大实验室两间，为四角排风系统，可扩增动物笼架具或做各种隔离实验，实验室内配备有实验台，试验台上备有照明灯、电源插座等用以连接各种实验仪器设备，此外还有实验车、平板架、紫外消毒灯、冰箱等，本室还可以根据实验人员的需要协助配备实验器械，每日专有一名工作人员负责屏障系统内的日常管理和协调各方面的工作。工作区内备有电话机及室内外对讲机以便内外联系，可承接大小鼠的饲养及动物实验。普通环境共182平米，分有消毒室、洗刷室、兔饲养室、IVC饲养室3间，可承接中小型普通级动物实验。实验伊始为每个实验课题设立日报帐，实验结束给出结账明细表，使科研人员明细动物出入，合理安排经费。